El sistema d'autodepuració es refereix a un sistema que té un cert grau d'autodepuració i capacitat d'absorció dels contaminants ambientals. Es tracta d'un complex agroecològic en el qual els contaminants ambientals s'autodepuren sota la premissa de no sobrepassar la capacitat ambiental a través dels efectes físics, químics i biològics del sòl agrícola, les plantes i els microorganismes.
