El microscopi de fluorescència i el microscopi ordinari tenen les següents diferències
1. El mètode d’il·luminació sol ser epi-il·luminat, és a dir, la font de llum es projecta sobre la mostra a través de la lent objectiu;
2. La font de llum és llum ultraviolada, la longitud d'ona és més curta i la resolució és superior a la dels microscopis normals;
3. Hi ha dos filtres especials. El que es troba davant la font de llum s’utilitza per filtrar la llum visible i el que hi ha entre l’ocular i l’objectiu per filtrar els raigs ultraviolats per protegir els ulls humans.